دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

Applications of convex optimization in metabolic network reconstruction – سخنرانی دکتر تفاق

امروز سخنرانی دکتر تفاق است در مورد کاربردهای بهینه‌سازی در بازسازی شبکه‌های متابولیکی. البته در نهایت هم در مورد مسابقه optimizer صحبت خواهند کرد.

خلاصه سخنرانی

Applications of convex optimization in metabolic network reconstruction More than two decades ago, the first genome-scale metabolic network reconstruction of the cellular metabolism of an organism was published, shortly after the first genome was sequenced. From that time on, the ever-increasing advances in the high-throughput omics technologies have allowed for the comprehensive reconstructions of exponentially growing sizes.

However, the vast amount of data can be a two-edged sword which makes many essential tasks computationally intractable. To overcome the demands of systems biology, even while they are outpacing Moore’s law, faster computational techniques are needed to enable the current methods to scale up to match the progress of data generation in a prospective manner.

In this talk, we go over several different areas of systems biology from flux balance analysis to context-specific reconstruction and propose efficient computational methods for several tasks separately. Then we work towards a more holistic approach and discuss the idea of generalizing the multiple-measurement vectors problem from linear systems to linear programs, which is the problem of !Optimizer 2021.

We will conclude by elaborating on how this approach can be immediately applied to a well-known computationally-heavy problem in metabolic network reconstruction.

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

نیم‌سال گذشته

نیم‌سال گذشته هم گذشت. البته الآن حدود ۲ ماه است که گذشته. اولین ترمی بود که مجازی درس می‌دادم ولی بیش از اولین ترمی بود که دانشجویان درس مجازی می‌گرفتند.

همیشه فکر می‌کردم چه خوب می‌شد اگر دانشجویان مثلا در ابتدای سال دوم می‌توانستند یک ترم استاد دانشگاه باشند، با مشکلات و دغدغه‌های یک استاد و فشارهایی که به یک استاد می‌آید و سپس بقیه تحصیلشان را ادامه می‌دادند. و همچنین برعکس، استادها می‌توانستند هر مثلا ۵ سال می‌توانستند یک ترم دانشجو باشند. این متن تلاشی است که کمی از این احساس را به دانشجویان منتقل کند.

تدریس مجازی درس‌های ریاضی

ابتدای ترم کمی از مجازی بودن می‌ترسیدم. که نتوانم درس را درست منتقل کنم. آن هم فردی که معمولا از کل فضای سه‌بعدی پیرامونش با تکان دادن دست و تصویرسازی استفاده می‌کند. اما بد هم نبود. مخصوصا فرمول‌نویسی خیلی راحت‌تر بود. ولی خوب این راحتی فرمول نویسی و ارائه اثبات‌ها موجب می‌شد که حجم تکنیکی درس زیاد شود که موجب رنج دانشجویان بود. اگرهم این قسمت‌های تکنیکی را حذف می‌کردیم و می‌گفتیم «آدم که اول با یک موضوعی آشنا می‌شود، باید به کلیت مفاهیم توجه کند» داد عده دیگری در می‌آمد که احساس می‌کردند تا تمام اثبات یک قضیه را چک نکنند نمی‌توانند آن قضیه را قبول کنند. اما از دست ریاضی‌دان‌ها!

برای پیش‌گیری از تقلب چه کنیم؟

یک ترس دیگر، ترس تقلب دانشجویان بود. ما در سیستمی بزرگ شدیم که حساسیت در مورد منصفانه بودن آزمون‌ها و نمره‌ها بسیار بیشتر از حساسیت در مورد یادگیری بوده. طبیعتا تصور اینکه عده‌ای تقلب می‌کنند و این تقلبشان موجب می‌شود عده‌ای که اخلاق را رعایت می‌کنند نمره کمتری بگیرند و به اهدافشان نرسند بسیار آزار دهنده بود. و مجبور بودیم برای این مسئله سازوکارهایی ارائه کنیم. یکی از سازوکارهای ارائه شده، کوئیزک بود. کوئیزک یعنی کوئیزهای بسیار کوتاه که هر روز برگزار می‌شود. وجود کوئیزک‌ها باعث می‌شد که دانشجویان مجبور باشند با درس جلو بیایند و کوئیزهای فراوان کوچک منبع خوبی برای ارائه نمره منصفانه‌تر به دانشجویان بود. چند جلسه‌ای برگزارش کردیم و در نهایت با مخالفت دانشجویان منحل شد. نظرسنجی‌های انجام شده در ابتدا و انتهای ترم نشان می‌داد که در مجموع دانشجویان کوئیزک را چیز خوبی می‌دانستند، اما ظاهرا واریانس موافقت و مخالفت زیاد بود. که موجب خشم زیاد در افراد اندک می‌شد. خلاصه نشد.

تقلب در آزمون‌ها واقعا موضوعی بود که اعصاب و روان اساتید را رنده می‌کرد. حتما تقلب می‌شده. حتما مشورت‌های فراوانی در دروس انجام می‌شده. حتما عده‌ای فقط به خاطر اینکه اخلاق را رعایت نمی‌کردند نمره‌شان بیشتر می‌شد. و این موضوع واقعا موجب ناراحتی است. یعنی چرا ما باید در این وضع این نمره‌ها را به دانشجویان بدهیم؟

صحبت از اخلاق هم البته برای برخی افراد موثر است، اما برخی افراد بهانه و دلیل می‌آورند. مخصوصا افرادی که فقط برایشان رفتن مهم است و برای توجیه رفتارشان بد بودن خیلی چیزها را بهانه می‌آورند. واقعا در این شرایط تدریس نکردن، اگر امکان‌پذیر بود، واقعا گزینه بهتری بود.

با چانه‌زنی چه کنیم؟

دانشجویان تا بتوانند در مورد هر چیزی چانه می‌زنند. من هم سعی می‌کردم خیلی راه بیایم. تمرین را به تعویق بیاندازیم. کوئیزها را عقب بیاندازیم. کوئیزک‌ها را لغو کنیم. حتی زمان برخی آزمون‌ها را گذاشتم به انتخاب خوب دانشجویان. فکر می‌کنید نتیجه چه شد؟ نارضایتی دانشجویان! اگرچه برخی دانشجویان خیلی خوشحال بودند، اما برخی خیلی خیلی ناراحت بودند. پس به چه نتیجه‌ای رسیدم؟ این‌که این رویه را رها کنم.

در مجموع

در مجموع بازخوردهای منفی که در این ترم گرفتم خیلی زیادتر از ترم‌های گذشته بود. البته یک علتش احساس این بود که داریم به دانشجویان کم‌محلی می‌کنیم. این موضوع اگرچه واقعیت ندارد، اما طبیعتا مجازی بودن کلاس‌ها موجب می‌شد این احساس بیشتر به دانشجویان دست بدهد.

برخی از دانشجویان گفته بودند که گرفتن درس با بنده برایشان خیلی آزاردهنده است و حتی سه تا درس با بنده داشته‌اند و کلا دل خوشی از بنده ندارند. اگرچه من متوجه نمی‌شوم چرا باید فردی که دل خوشی از بنده ندارد، سه تا درس با بنده بگیرد. آن هم در شرایطی که هیچ درسی را بیش از یک بار ارائه نکرده بودم، ولی واقعا چه باید کرد؟

بازخورد منفی گرفتن موجب می‌شود آدم کارهای خود را بازبینی کند. آیا راهی برای اصلاح هست؟ طبیعتا خوب سعی می‌کنیم مشکلات را پیدا کنیم و حل کنیم. خیلی وقت‌ها مشکل این است که مستقیما نمی‌توان با نظر دانشجویان تصمیم‌گیری کرد، چرا؟ چون نظرات کاملا برعکس هم است.

مهم‌ترین درخواست دانشجویان مشخص بودن همه چیز از قبل بود. سعی کردم این ترم این کار را انجام بدهم.

اما در یک نگاه کلان‌تر، آدم احساس می‌کند من چرا باید درس بدهم؟ خوب چون دانشگاه مجبورمان می‌کند درس بدهیم. سوال بعدی این است که چرا باید برای درس دادن این همه زحمت کشید؟ واقعا دلیلی برای این موضوع وجود دارد؟ مخصوصا وقتی که در مجموع احساس نمی‌کنید خیلی هم این تلاش‌های شما مورد توجه قرار می‌گیرد؟ و مخصوصا در شرایطی که فشارهای کاری از همه طرف دارد فشار می‌آورد؟ فشارهای پژوهشی دانشگاه، فشارهای کارهای فراوان دیگر درون و کارهای خیلی خیلی زیاد خارج دانشگاه.

زندگی را به چه بگذرانیم؟

برخی می‌گویند دنبال کاری بروید که از آن لذت می‌برید. اگر در کاری فردی از رضایت مخاطبان لذت ببرد چی؟ به نظر می‌آید حداقل برای من انتخاب مناسبی نیست.

شاید هم باید دنبال کاری رفت که در آن موفق‌تر هستیم.

شاید هم باید یک کار معمولی و برروی روال انتخاب کرد مثل یک کارمند هر روز کار را انجام داد و در نهایت بازنشسته شد.

شاید هم بگویید که از سن چون منی گذشته که این مسائل فکر کنم. البته هنوز بنده استخدام رسمی دانشگاه نیستم. شاید هم هنوز وقت داشته باشم برای این انتخاب‌ها.

وقتی وارد کلاس می‌شویم، چه نگاهی به ما دارند؟

با چند نفر از دوستان بحث این بود که یک مباحثی را منتشر کنیم یا خیر. به عنوان بررسی یک نمونه، بحث یکی از کارگردان‌های کشور مطرح شد و اینکه چه حرف‌هایی پشت سر ایشان زده شده.

برای اینکه بگویم حالا مشکلی هم نبوده، برخی از فحش‌هایی که به بنده داده می‌شود را گفتم. البته خوب فحش‌ها بی‌ادبانه‌تر از این حرف‌ها بود که بتوانم ذکرشان کنم یا حتی بهشان اشاره کنم. در نتیجه گفتم خیلی فحش‌های بدی است!

خیلی‌ها باورشان نمی‌شد که آخر چرا باید پشت سر من که هیچ‌کاره‌ای نیستم این حرف‌ها زده شود؟

وقتی می‌خواهید وارد جمعی از دوستان بشویم، مثلا در راه که دارید به سمت آن جمع می‌رویم، تصور می‌کنیم که این جمع چگونه است؟ با من دوست هستند؟ باید خودم را جمع و جور کنم که نکند یک آتویی از بنده دست بگیرند تا ۱۰ سال آینده مسخره‌ام کنند؟ یا با من مهربانند؟ می‌توانم درد دل‌هایم را به ایشان بگویم؟ آن‌جا باید بنشینم و برای پُزهای الکی آن‌ها سر تکان بدهم؟ حالا برای رفتن سر کلاس یا دانشگاه فکر می‌کنید ما باید چه احساسی داشته باشیم؟

خودتان را جای یک استاد دانشگاه بگذارید؟ هر روز که می‌خواهد سر کلاس برود، دارد تلاش می‌کند که خیلی چیزها را رعایت کند و با دانشجویان مهربان و منصف باشد. و همه این کارها را دارد برای افرادی می‌کند که برخی‌شان از استاد ناراضی هستند و این کارهای استاد نه تنها تمسخر آن‌ها را برمی‌انگیزاند بلکه می‌روند و پشت سرش بهش فحش می‌دهند. واقعا آدم با چه حسی باید وارد این کلاس شود؟

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

معرفی چند سخنرانی

یکی از دانشجویان دانشمند مآب این را نوشته:

سه تا سخنرانی جالب.

این دو تا در مورد حل کردن سیستم های لاپلاسی خطی روی گراف های ساده (اولی) و جهتدار (دومی) هست. خودم فیلم دوم رو دیدم و اولی رو فرصت نکردم ببینم. نتیجه جالبی هم از کارش گرفته بود یه نسخه ضعیفتری از حکم RL=L (حافظه لگاریتمی) تونستن نتیجه بگیرن. الگوریتم خودشون هم برای حل Lx=b مبتنی بر یه نسخه از الگوریتم page rank گوگل بود.

https://www.ias.edu/math/events/computer-sciencediscrete-mathematics-seminar-ii-470
https://www.ias.edu/math/events/computer-sciencediscrete-mathematics-seminar-ii-471

این هم در مورد تجزیه گراف به اکسپندرها هست

https://warwick.ac.uk/fac/cross_fac/dimap/seminars/#080221Saranurak

ایده‌اش این هست که یه سری الگوریتم‌ها روی اکسپندرها عملکرد بهتری دارند. اینا گراف رو می‌گیرند به تعدادی اکسپندر تجزیه‌اش می کنند روی هر بخش که یه اکسپندر هست الگوریتم رو اجرا می‌کنند و در نهایت بر اساس خروجی الگوریتم روی اون بخش‌ها جواب رو برای گراف اصلی محاسبه می کنند. شاید ایده‌اش بدرد بخوره تو پیدا کردن الگوریتم های گرافی

۲۹ اسفند/۱۹مارس هم اسپیل من سخنرانی داره

https://warwick.ac.uk/fac/sci/maths/research/events/seminars/areas/combinatorics/2020-21/

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

فراخوان مسابقه Optimizer

مسابقه Optimizer 2021 هر سال با تمرکز بر موضوع بهینه‌سازی توسط آزمایشگاه SOAL دانشکده علوم ریاضی شریف در دانشگاه صنعتی شریف برگزار می‌شود و توانایی تشکیل تیم مناسبی که بتواند از جنبه‌های مختلف علمی، نظیر دانش نظری، طراحی الگوریتم و توسعه نرم‌افزار با هم‌افزایی و هماهنگی مناسب در این مسابقه به موفقیت دست یابد از جنبه‌های کلیدی در این مسابقه است. هم‌چنین، از آن‌جا که این مسابقه در مرزهای علم بهینه‌سازی و معمولا با نگاه خاص به کاربردها برگزار می‌شود، توانایی تیم‌ها در مطالعه و بهروز کردن معلومات خود در زمان تعیین شده در مرحله اول مسابقه (که معمولا حدود چهار ماه است) و هم‌چنین توسعه و پیاده‌سازی الگوریتم‌های مورد نظر در این بازه زمانی نقش اصلی را در رقابت برخط و موفقیت تیم‌ها در این مرحله (که در تیر ماه برگزار می‌شود) خواهد داشت. سوال مسابقه از اسفند ماه و هم‌زمان با بازه ثبت‌نام تیم‌ها از طریق وب‌سایت مسابقه در دسترس علاقه‌مندان به شرکت در مسابقه قرار می‌گیرد و تیم‌ها اساسا می‌توانند در چارچوب مقررات اجرایی مسابقه از کلیه امکانات علمی و فناوری‌های موجود در راستای رسیدن به اهداف خود استفاده کنند.

از آنجا که روش برگزاری مسابقه خاص بوده و از هماکنون امکان دسترسی به سوال و ثبت نام برای تیمها وجود دارد و رقابت برخط تیمها در تیرماه 1400 برگزار خواهد شد، علاقهمندان میتوانند با مراجعه به وب‌سایت مسابقه به آدرس http://optimizer.math.sharif.ir و اطلاع از جزییات نسبت به ثبتنام در زمان تعیین شده اقدام فرمایند.

با احترام

دبیرخانه مسابقه Optimizer 2021

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

خوش‌آمد

به علت برخی مشکلات در سرور، مقداری از اطلاعات تارنما پاک شد. همین هم که برگشت خدا را شکر.

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

تجزیه سلسله‌مراتبی گراف دینامیک

عنوان یک سخنرانی است که این سه‌شنبه برگزار می‌شود. احتمالا شرکت درش خالی از لطف نباشد.

Zoom link for DIMAP seminar

Monika HenzingerTuesday, 14:00, Zoom (link on DIMAP seminar webpage)

Hierarchical decompositions in dynamic graph algorithms

A dynamic graph algorithm is a data structure that maintains a graph property while the graph undergoes a sequence of edge updates. In dynamic graph algorithms with polylogarithmic time per operation a hierarchical graph decomposition is typically maintained. We present various such hierarchies and the different types of invariants used to maintain them efficiently. They lead to very fast dynamic algorithms for connectivity, approximate matching, vertex cover, densest subgraph and set cover as well as for (Delta+1)-vertex coloring.

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

چرا کارها را به تعویق می‌اندازیم؟

یک موضوعی که در دانشگاه خیلی با آن مواجه می‌شویم چانه‌های بی‌انتهای دانشجوها برای به تعویق انداختن زمان تحویل تمرین‌هاست. این چانه‌زدن‌ها هم انواع و اقسام دارد. گاهی پیشنهادهای سیستمی ارائه می‌شود که مثلا کلا ۵ روز تعویق برای همه تمرین‌ها را بپذیرید. یا گاهی پیشنهاد می‌شود که این یک تمرین من را بپذیرید. یا اینکه شب قبل از تحویل تمرین می‌گویند می‌شود این تمرین را یک روز تمدید کنید. در این مورد خیلی صحبت شده.

در مجموع در خیلی از موارد مسئله مسئله‌ای فکری است و نه مسئله‌ای واقعی. مثلا اگر همه تمرین‌ها را یک روز زودتر بگوییم و بعد یک روز زمان تحویل را تمدید کنیم مشکل خیلی‌ها حل می‌شود.

اما موضوع این نوشته پیشنهاد یک سازوکار نیست. سوال این است که چرا ما کارها را به تعویق می‌اندازیم؟ یک سخنرانی تد در این مورد هست که مشاهده‌اش خالی از لطف نیست. انسان احساس هم‌دردی می‌کند. انگار دارد احساسات و برخوردهای خودش را مرور می‌کند. نسخه‌هایی بدون زیرنویس از سخنرانی در آپارات هم پیدا می‌شود.

اگرچه دیدن این سخنرانی جالب است، اما شاید بتوان گفت این سخنرانی به عوارض اشاره می‌کند. اینکه برخی از افراد کارها را به تعویق می‌اندازند بیشتر یک عارضه است، ولی مشکل چیز دیگری است. رفتار به تعویق انداختن مانند تب است. اگرچه تب مشکلاتی ایجاد می‌کند، اما معمولا تب خود بیماری نیست. یک بیماری دیگری وجود دارد که به آن توجه نمی‌کنم که از علائم آن بیماری تب است. شاید رفتار بهتر یافتن بیماری و درمان آن است. ممکن است علت اصلی اضطراب، یا خیلی مشکلات دیگر باشد. بهتر نیست به درمان آن مشکل اصلی بپردازیم تا از مشکل اصلی راحت بشویم؟

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

انتخاب رشته کارشناسی – معرفی رشته علوم کامپیوتر

باز هم نتایج کنکور کارشناسی آمد و قرار شده فیلمی برای معرفی رشته علوم کامپیوتر درست کنیم.

یک دفعه دیگر هم این کار را انجام داده بودم. فیلمش را می‌توان اینجا پیدا کرد. ولی آدم نمی‌تواند همان که آن موقع گفته را دوباره بگوید. خوب آدم هر موقعی در یک حالی است. انشاء الله آماده شد همینجا پیوندش را می‌گذارم.

یک ایده هم این بود که با کمک بچه‌های شورای صنفی این فیلم را درست کرده و تدوین کنیم. متاسفانه نمی‌رسیم به زمان‌بندی. ولی اگر بعد از این مدت محدود شورای صنفی‌ها زحمت بکشند و این کار را بکنند خوب است. اصلا قسمتی از فیلم را خودشان بسازند. با مصاحبه با دانشجویان و دیگر اساتید. خیلی می‌توان حرف‌های جالبی در مورد دانشکده و معرفی رشته کرد.

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

نحوه برگزاری کلاس‌های مجازی

برگزاری کلاس‌ها به صورت مجازی خوبی‌ها و بدی‌های خود را دارد. در کلاس‌های مجازی همراه کردن دانشجویان مخصوصا وقتی که می‌توانند با یک کلیک به صفحه‌های شامل مطالبی هیجان انگیزتر بروند خیلی سخت است. تازه می‌توانند همیشه به این فکر کنند که اگر الآن درس را دنبال نکردند بعدا می‌توانند فیلم درس را مشاهده کنند. اگرچه برخی اوقات این استدلال تنها یک بهانه است، اما برخی اوقات نیز این استدلال به خوبی کار می‌کند.

از طرف دیگر شاید بتوان از این شرایط استفاده کرد و مدل جدیدی از تدریس را آغاز کرد.

یک ایده‌ای که شاید در کلاس‌های این ترم اجرا کنیم این است که سوال‌های کلاسی را به صورت آزمون‌های بسیار کوتاه برگزار کنیم. یعنی سوال‌هایی بپرسیم و از همه بخواهیم که به آن سوال‌ها پاسخ بدهند. بدین صورت دانشجویان بیشتر مجبور می‌شوند که با روند کلاس جلو بیایند. مخصوصا که اگر این موضوع نمره هم داشته باشد. البته این موضوع اضطراب کلاس را زیاد می‌کند که اصلا چیز خوبی نیست. اما می‌توان آزمایش کرد.

یک کار دیگر که برخی اساتید انجام می‌دهند درخواست مشارکت از دانشجویان است به صورتی که دوربین و میکروفون یکی از دانشجویان را به صورت اتفاقی روشن می‌کنند و از ایشان چیزی می‌پرسند. این هم کار خوبی است، اما استرسش دیگر خیلی زیاد است!

یک پیشنهاد میانی می‌تواند این باشد که برای هر جلسه تعدادی داوطلب داشته باشیم که ایشان مشارکت در کلاس را انجام بدهند. مثلا سوال‌های سخت‌تری که برای جلورفتن روند کلاس لازم است را ایشان پاسخ بدهند تا با ایده‌های متنوعی جلو بیاییم. این هم پیشنهاد خوبی است، اما فعلا دستیاران آموزشی درس با این مخالفت کردند.

اما به هر صورت مشارکت دانشجویان مخصوصا در کلاس‌های مجازی باید خیلی جذابیت درس کمک کند.

موضوع دیگری که البته برمی‌گردد به توانایی‌های سامانه‌های موجود دانشگاه این بود که کلاس را کجا برگزار کنیم. ظاهرا برای هر کلاس درس یک اتاق مجازی درست شده، اما آن‌طور که متوجه شدم برای ورود به آن باید در صفحه درس در cw یک بلاکی اضافه شود. بر روی کلید آن بلاک که می‌زنید شما را می‌برد به کلاس درس. اما ظاهرا لینک کلاس درس برای هر فردی فرق می‌کند. لینکی که به اساتید داده می‌شود برای مدیران درس است در نتیجه اگر کسی آن لینک را داشته باشد می‌تواند کلاس را اداره کند. مثلا میکروفون‌ها را خاموش و روشن کند و از این قبیل کارها. درنتیجه این روش خیلی خوبی برای به اشتراک‌گذاری کلاس درس نیست. ظاهرا لینک مهمانی هم برای کلاس‌های درس وجود ندارد. برای افرادی هم که در cw نیستند، مثلا از دانشگاه‌های دیگر هستند امکان ثبت نام آزاد در cw وجود ندارد. خلاصه اینکه به اشتراک‌گذاری کلاس درس کار سختی است. البته این سوال را از قسمت آموزش‌های الکترونیک دانشگاه نیز کردم. ایشان می‌گفتند هر فردی که وارد کلاس درس بشود، مستقل از لینک، بسته به اینکه چه سمتی دارد وارد کلاس می‌شود. اما لینکی که بنده داشتم را در هر مرورگری که باز می‌کنم باز هم مدیر است.

در مقابل هر استاد یک اتاق مجازی دارد. ظاهرا می‌توان به راحتی لینک آن را به همه داد. بدین ترتیب انشاء الله کلاس‌ها را در اتاق مجازی استاد برگزار می‌کنیم. در این زمینه مشاوره‌های شورای صنفی جای تشکر دارد. پس بدین ترتیب قاعدتا کلاس‌ها در این آدرس برگزار خواهد شد.

در هر کدام از زمینه‌ها اگر پیشنهادی دارید شنیدن آن‌ها می‌تواند جالب باشد.

دسته‌ها
دسته‌بندی نشده

مقاله «الگوریتمهای تقریبی برای بازسازی درخت تبارزایی، از کاربردهای علوم کامپیوتر نظری در زیستشناسی و بیوانفورماتیک»

خدا را شکر مقاله بنده به نام «الگوریتمهای تقریبی برای بازسازی درخت تبارزایی، از کاربردهای علوم کامپیوتر نظری در زیستشناسی و بیوانفورماتیک» برای چاپ در مجله فرهنگ و اندیشه ریاضی قبول شد. انشاء الله وقتی چاپ شد پیوندش را اینجا قرار می‌دهم.

چکیده مقاله:

مسئله استنتاج درخت تبارزایی مسئله‌ای قدیمی در زیست‌شناسی است که در آن به دنبال درختی هستیم که شباهت موجودات را نشان بدهد. الگوریتم‌های موجود برای بازسازی درخت تبارشناسی عموما الگوریتم‌هایی اکتشافی هستند.این الگوریتم‌ها براساس شهود ارائه‌دهنده کار می‌کند و در مورد نحوه و میزان بهینه بودن آن‌ها هیچ تضمیمینی وجود ندارد. در مقابل، الگوریتم‌های تقریبی اگرچه پاسخ بهینه را پیدا نمی‌کنند (چون احتمالا این کار امکان‌پذیر نیست)، اما در مورد میزان فاصله پاسخ‌شان با پاسخ بهینه می‌توان تضمین‌هایی ارائه کرد.

در این مقاله الگوریتمی تقریبی برای مسئله بازسازی درخت تبارشناسی تومور را بررسی می‌کنیم. الگوریتم بررسی شده در این مقاله از تغییر الگوریتمی برای مسئله درخت اشتاینر به دست آمده است. الگوریتم ارائه پیش از این در مقاله Alon [TCBB, 7, 1 (2008)] مطرح شده است. در این مقاله یکی از کاربردهای علوم کامپیوتر نظری در طراحی الگوریتم برای مسئله‌های بیوانفورماتیک را با دقت بررسی خواهیم کرد پس این مقاله برای علاقه‌مندان به علوم کامپیوتر مناسب است.

کلا مقاله علمی-ترویجی نوشتن جذابیت‌های خود را دارد. مخصوصا که اگر برخی افراد مقاله‌ها را بخوانند و این مقاله‌ها ایشان را علاقه‌مند به موضوعی بکند!